Az adóellenőrzés keretein belül a transzferárakat és a kapcsolt vállalkozásokkal megvalósult tranzakciókat is ellenőrizhetik az Adóhatóság képviselői. Sok esetben már az ellenőrzés megkezdése előtt vagy annak kezdetén jelzést kap az adózó, hogy készüljön fel: az ellenőrzés a kapcsolt vállalati ügyletekre és dokumentációkra is ki fog terjedni. Egy ilyen ellenőrzés során, a csoporton belüli tranzakciókba gyakorlatilag bármilyen mélységben betekintést és információkat kérhet az Adóhatóság: a könyvelési adatoktól kezdve a szerződéseken, elszámolásokon és bizonyítékokon át egészen az ügyletek mögötti megfontolásokig, az árképzési módszertan részletes bemutatásáig és természetesen ahol ez kötelező, a transzferár nyilvántartásokig.